Si la historia de la población humana en Madagascar se reduce a sólo unos 2 000 años, el asentamiento de la isla por las plantas y los animales tiene su origen en los períodos geológicos y se remonta a unos millones de años. Madagascar formaba parte del vasto continente Gondwana hace 200 millones de años y se separó de ello hace cerca de 165 millones de años, al mismo tiempo que la actual península india.
Mucho más tarde, la India se alejó hacia el norte para colisionar con Asia hace cerca de 45 millones de años. En el período de la separación de África y de Madagascar, la fauna y la flora de las masas continentales eran muy antiguas. Los dinosaurios dominaban entonces el planeta, los mamíferos eran nocturnos y de tamaño pequeño, las angiospermas aún no existían y la flora se limitaba a las gimnospermas (tales como las coníferas) y a otros grupos antiguos incluyendo los helechos en particular.
La extinción de los dinosaurios durante el desbarajuste del final de la era cretácea (hace cerca de 65 millones de años) permitió a grupos nuevos colonizar las tierras (y los mares). Los mamíferos se volvieron el grupo dominante en el reino animal con la aparición de la rama de los Hominoides, hace menos de 10 millones de años pero la evolución de esta rama que nació en África no se refiere a Madagascar, el cual proseguiría un curso particular.
Grupos de animales y plantas conquistaron la gran isla por vía aérea, por el mar o al dejarse transportar por otros animales o por residuos vegetales que flotaban en el mar. De este modo, aquellos grupos poblaron en Madagascar nichos ecológicos vacíos. Las afinidades de la población malgache son africanas pero también indias, malayas y australianas. Sin embargo, los grupos de animales y plantas tienen una historia tan antigua y particular de modo que todos presentan un elemento específico y la mayoría de las veces, verdaderas reliquias que hoy día han desaparecido de las masas continentales pero que, aislados, han evolucionado en Madagascar.
