Los reptiles son varios y heterogéneos. Al comparar los reptiles de Madagascar con los de África, se puede constatar la ausencia de la víbora, de la cobra, del varano y del pitón. En cambio, la Gran Isla resguarda los dos tercios de los camaleones del planeta que están representados por un número bastante elevado de formas y colores.
Los camaleones
En un bosque lluvioso, se pueden encontrar especies distintas del tipo Calumma, los camaleones que se adaptan lo más al bosque y también los más sensibles a la roturación. En cuanto al tipo Furcifer, especies que en general se adaptan más fácilmente, pueden vivir en hábitat alterado y en los bosques secos del oeste. La especie más difundida, el camaleón pantera (Furcifer pardalis) vive en varios tipos de hábitat y se puede también encontrar en las zonas herbosas. Otra especie, el Furcifer laterales, aun se encuentra en Antananarivo.
Hace falta mencionar las especies enanas del tipo Brookesia o "ranovary" en malgache. Estos pequeños camaleones son más bien terrestres y no tienen una cola prensil como los demás.
Las salamanquesas y las iguanas
Un número importante de salamanquesas existe en Madagascar. Las más famosas son las especies diurnas del tipo Phelsuma que se distingue de costumbre por su color verde brillante ornado más o menos por manchas rojas. Sólo cierto número de especies viven en el interior de los bosques mientras otras (como la Phelsuma lineada y la Phelsuma quadriocellata) se pueden observar en las ciudades o en espacios transformados por el hombre. Entre las salamanquesas, existen especies muy miméticas como las Uroplatus. Los lagartos del tipo Chalarodon y Oplurus, típicos de las zonas áridas del oeste y del sur son iguanas que tienen semejanzas con les del continente americano.
Los serpientes
Encontramos en la isla tres de las cuatro especies de boa del planeta : la Boa manditra, la Boa madagascariensis y la Boa dumerilii. La cuarta especie, la Boa constrictor se encuentra en América del Sur. Las especies malgaches no presentan ningún peligro para el hombre. Además, Madagascar es característico porque no resguarda serpientes verdaderamente venenosos. En realidad, existen unos que tienen glándulas venenosas pero están situadas en la parte posterior de la mandíbula y estos serpientes llamados opistoglifas son inofensivos. Los que se pueden observar fácilmente son los que pertenecen al tipo Madagasarophis, "lapata" en malgache. Otras especies existen pero más difícil de encontrar como el Langaha madagascariensis, extraordinario por su mimetismo extremo y por el hecho de que el macho tiene apéndice puntiagudo mientras la hembra está dotada de un rostro en forma de hoja.
Las tortugas
No se puede hablar de reptiles de Madagascar sin recordar las tortugas terrestres. Entre ellas, especies magníficas pero amenazadas. La más famosa es la Tortuga radiada, Geochelone radiata, típico del sur malgache. Aunque localmente, es todavía abundante, es amenazada por la captura y las obras de construcción de carreteras. Al norte de la isla, es posible visitar la reserva de Ampijoroa donde un proyecto de reproducción ya es efectivo. En el mismo centro se cría también otra especie de tortuga igualmente amenazada , la Pyxis planicauda.
El cocodrilo
En Madagascar se encuentran también cocodrilos. Pertenecen a la misma especie presente en el continente africano, el cocodrilo del Nilo (Crocodylus niloticus). Hoy día, las poblaciones residuales de este reptil se encuentran en unos ríos del Oeste como el Tsiribihina, el Manambolo y el Betsiboka. Otras poblaciones bastante famosas son las de la isla de Nosy-Be, donde varios tabúes los protegen.
